פסילת ספרים הינה הליך ממושך שתחילתו בביקורת שנעשתה בעסק, ובטרם אלה נפסלו, יתנהלו דיונים בפקיד שומה לגבי אותה ביקורת. גם במקרה כזה יש ליצור קשר מידי עם רואה החשבון ולערב אותו בביקורת המתבצעת עד שהמבקרים עוזבים את מקום העסק.

מדי שנה, בכל אחד מהמחוזות, מתנהלים מספר מבצעים אזוריים או ארציים המתמקדים בענף אחר, וזאת בלי קשר לביקורות שוטפות המתבצעות על ידי פקיד השומה האזורי. במקרים כאמור, שאינם ביקורות שוטפות, פקידי שומה מחליפים ביניהם כוח אדם, כדי שהמבצעים כאמור יהיו יעילים יותר ויפיקו את המיטב מאותו מבצע המבוסס על גורם ההפתעה. יש לשים לב, כי במקרה כזה מי שיערוך את הביקורות הם לא בהכרח מבקרי מחלקת ניהול ספרים, וזאת בשל היקף המבצע והיעדר כוח אדם. הפיקוח על מבצע כזה נעשה על ידי גורם בכיר ברשות המסים.

נציין, כי מי שנוהג לרשום הכנסות בזמן אמת בקופה או מוציא חשבוניות כנדרש ממנו על פי דין, אינו צריך לדאוג מביקורת זו, ובמקרה שמתגלים ליקויים שוליים עשויה להניתן לבעל העסק מספר הזדמנויות לתקנם, ובלבד שאלה אינם מהותיים. בכל מקרה, הכנה מוקדמת ושיחה עם רואה החשבון אודות הספרים המנוהלים בעסק מונעים קיומם של ליקויים בספרים.

בכל מקרה, לאחר הביקורת ובמידה שנמצאו ליקויים, בעל העסק יזומן לשימוע כדי לקבוע את חומרת הליקוי וקוד ניהול הספרים שיינתן בעקבות אותה ביקורת. השימוע הינו הליך חשוב וקריטי, במיוחד עם נמצאו ליקויים או נמצא כי העסק לא רשם תקבול כדין, ולפיכך אין להזניח את הדברים ויש לערב עורך דין מומחה בתחום ביחד עם רואה החשבון כדי לטפל בעניינים אלה, שכן בהליך זה, והגם שלא תמיד מייחסים לו חשיבות, קיימים הן היבטים מיסויים והן היבטים משפטיים.